今天来跟大家介绍一款简单好用的软件：Graphpad Prism。相比于R语言，Graph prism更易上手，只需要简单的参数设置，就可以实现科研图片的绘制和美化。小编今天就借着火山图的绘制，带

今天来跟大家介绍一款简单好用的软件：Graphpad Prism。相比于R语言，Graph prism更易上手，只需要简单的参数设置，就可以实现科研图片的绘制和美化。小编今天就借着火山图的绘制，带大家体会一下Graphpad Prism 8软件的实操。

软件版本：Graphpad Prism 8

1. 原始数据的准备

在得到RNA转录组数据或芯片数据后，我们需要在Excel表格中筛选Padj值小于0.05、log2FoldChange大于1的差异基因数据，并将其标记Up；将Padj值小于0.05、log2FoldChange小于-1的差异基因数据筛选，并将其标记Down；剩下的就是表达无差异的基因了。在这里，要提醒大家的是，Padj以及FoldChange的阈值是大家可以根据实际的图形呈现的需要去调节的，一般Padj的设置为小于0.05，FoldChange绝对值的阈值大于2。

Padj数据以及Log2Foldchange数据筛选过程

数据筛选后并排序的结果

2. 数据录入Graphpad Prism

将Excel中的log2FoldChange以及Padj数据复制到Graphpad Prism数据表中。具体形式如下：

录入Graphpad Prism中的数据列表

3. 数据分析过程

点击Analyze，进行分析。在Transform，Normalize下选择Transform选项，点击OK。在随后弹出的Parameters:Transform界面框选中Standard functions单选按钮，并勾选Transform Y values using Y=-1*log(Y)，则可以将纵坐标转换为-log10Padj，可在左侧Results部分查看转换后的结果。这样，我们期待已久的最原始的火山图轮廓就呈现出来了。

Y轴数据转换为-log10Padj的过程

火山图数据分析的结果

原始火山图图像

4. 图形美化和最终图形生成

（1）点击工具栏中按钮，进入Format Graph界面，选中Appearance。选择数据集A（表示第一列原始数据中的上调基因），勾选Show symbols，选择Color属性后进行颜色的选择，一般为红色。同时可以更改图形形状、图形的大小等。同理对基因下调对象（绿色或蓝色）、无差异对象（灰色）也进行调整。注意三个组别的图形形状最好一致。

对数据集A进行选择及图形属性修改

（2）在工具栏中点击图标，对于火山图边框及背景进行修改和美化。在弹出的Format and Origin界面将坐标轴粗细改为1/2pt，Frame style（坐标轴样式）设置为Plain Frame，然后单击Apply按钮。

火山图边框及背景设置

（3）X axis设置。在此模式下，切换到X axis选项，取消勾选Automatically determine the range and interval（自动设置范围和间隔），以便自己根据需要编辑所需要的刻度范围及间隔。

将Range（范围）中最小值设置为-10；将All ticks（所有刻度）中的Ticks direction（刻度方向）改为Up、Ticks length改为Very Short；将Minor sticks（次要刻度）改为二等分主要刻度；通过Additional ticks and grid lines（辅助刻度和辅助网格线）选择项添加两条竖直网格线，将X值分别设置为-1和1。在Details中进行线条细节设置：勾选Show Grid Line（显示网格线），将Thickness（宽度）改为1/4pt，将Style（样式）改为细密的短虚线。点击Apply按钮后得到下图。

X轴坐标设置要点及结果图形呈现

（4）Y axis坐标设置。同样取消勾选Automatically determine the range and interval（自动设置范围和间隔），以便自己根据需要编辑所需要的刻度范围及间隔。

将Range（范围）中最小值设置为-4，最大值设置为64；将All ticks（所有刻度）中的Ticks direction（刻度方向）改为Right、Ticks length改为Very Short；将Minor sticks（次要刻度）改为二等分主要刻度；通过Additional ticks and grid lines（辅助刻度和辅助网格线）选择项添加两条竖直网格线，将Y值设置为1.301（-log100.05 = 1.301，为了标记变换后Padj=0.05所在的位置）。在Details中进行线条细节设置同X轴设置。点击Apply按钮后得到下图。

Y轴坐标设置要点及结果图形呈现

（5）调节横纵坐标的长度，以达到满意的审美。最终得到的火山图如下所示（由于小编输入的是示例数据，数据量与正常测序或芯片数据有所差异，所以图像呈现不是那么丰富）。

 

总结：Graphpad Prism相比起R是一款易上手的软件，它对科研绘图小白十分友好，直接复制粘贴数据就能绘制出适合论文发表的图，并且可以根据自身需要进行美化。同时，随着Graphpad Prism的不断更新迭代，它的性能也在变得强大，使用它仍然可以绘制出效果不亚于R语言的生信图，为基础科研人员提供便利。